De basis van genomics
In de laatste paar jaar is genomics een gewone term in de veefokkerij geworden. Vele artikelen zijn geschreven en felle discussies zijn gevoerd over deze nieuwe technologie. Een ding mag duidelijk zijn: genomics is een belangrijk toevoeging op de al bestaande technieken en methodes die al gebruikt werden in de evaluatie van stieren en koeien.
De traditionele methode van het schatten van fokwaarde was gebaseerd op het verzamelen van melkcontrolegegevens, exterieurcontrole, vruchtbaarheidsdata etc. Dit resulteert in betrouwbare evaluatie van genetica maar neemt veel tijd in beslag voordat men een betrouwbare schatting kan doen. Stieren of koeien zijn 4 of 5 jaar op het moment dat hun eigen fokwaarde een betrouwbaarheid heeft van 80% of hoger. Veehouders moeten dus lang wachten alvorens ze op basis van een betrouwbare fokwaarde kunnen bepalen of ze een stier gaan gebruiken op de veestapel. In het verleden werden de stieren als proefstier ingezet met als doel 100 melkgevende dochters. Vervolgens moest de "wacht"-stier 4 jaar wachten op zijn fokwaarden en werd slechts 10%-15% gepromoveerd tot fokstier. Je kunt zeggen we keken naar een blackbox, we zien en meten de buitenkant in de vorm van fenotypische resultaten en schatten in hoe dit wordt beïnvloed door het DNA van de dieren.
Genomics stelt ons in staat de black box te openen, omdat we in staat zijn om het DNA direct te matchen met de fenotypische resultaten. Het DNA van stieren en koeien ligt verspreid over de chromosomen in elke cel van het lichaam. Het DNA bestaat uit twee basisparen. In totaal heeft een rund ongeveer 3 miljard van dergelijke basisparen in het DNA. 99.8% van het DNA is identiek binnen een ras van een diersoort. Dus 0.2% van het DNA is verschillend en bepaalt de genetische verschillen die we vinden in praktijkresultaten en fokwaarden. Dit houdt in dat er ongeveer 6 miljoen basisparen (0.2%) die het verschil veroorzaken tussen koeien en stieren. De basisparen die deze verschillen verklaren worden ook SNP's (Snips) genoemd. Ook voor mensen geldt dat 0.2% van het DNA de verschillen tussen mensen veroorzaken.
Genomics is de methode waarbij de informatie van de traditionele fokwaardeschatting wordt gecombineerd met de DNA informatie. Een grote groep dieren met betrouwbare fokwaarden vormt de referentiepopulatie. Van al deze dieren is het DNA geanalyseerd. In deze analyse zijn 45.000 SNP's in kaart gebracht. Met zeer krachtige instrumenten is met behulp van statistiek de relatie tussen elke SNP en fokwaarde geschat. Bijvoorbeeld het verband van de fokwaarde %eiwit met elke individuele SNP's is geschat. Deze verbanden of relaties worden ook wel SNP effecten genoemd. Sommige SNP's hebben een grote invloed op een bepaald kenmerk en weer een kleine invloed op andere kenmerken. Al deze SNP effecten worden per kenmerk/fokwaarde opgeteld en de directe genomische fokwaarde kan dan worden berekend.
Men gaat ervan uit dat de geschatte SNP effecten op basis van de referentiepopulatie geëxtrapoleerd kunnen worden naar andere dieren in dezelfde rasgroep. Dit opent de deur naar het testen van het DNA van jonge dieren en vervolgens de genomic fokwaarde te berekenen op basis van de SNP effecten. De vraag is dan natuurlijk hoe goed is deze aanname? Op dit moment ligt de betrouwbaarheid van een genomic fokwaarde rond de 70%, de aanname is dus best goed... maar zeker niet perfect. Hoewel het is duidelijk een stap voorwaarts in vergelijking met afstammingsindex van vader en moeder. De laatste jaren hebben we gewerkt met verwachtingswaarde met een betrouwbaarheid van 35%. De betrouwbaarheid van 70% kan worden vergeleken met een fokwaarde van een stier gebaseerd op 35 dochters. De kans is dus vele malen hoger dat de uiteindelijke fokwaarde van een stier op basis van eigen dochters overeenkomt 
met zijn genomic fokwaarde dan in met zijn verwachtingswaarde.
Al hoewel de techniek zich sterk ontwikkeld en er nog vele vragen beantwoord moeten worden geloofd Alta sterk in deze nieuwe techniek. Wereldwijd test Alta een groot aantal jonge stiertjes, alleen de allerhoogste stiertjes voor genomics komen naar Alta en vervolgens in productie. Het sperma van deze jonge stiertjes worden direct ingezet binnen Advanatage® en wereldwijd breed vermarkt. De term "wacht"stier is in het genomic-tijdperk niet meer van toepassing.
Vandaag de dag hebben veehouders een breder en beter assortiment stieren om uit te kiezen. Ze kunnen kiezen om stieren met een hoge betrouwbaarheid (>90%) op basis van eigen dochters te gebruiken met over het algemeen niet het hoogste genetische niveau. Of ze kunnen kiezen uit de G-Stars en FutureStars, hiermee halen ze het hoogste genetische niveau binnen met een betrouwbaarheid van 70%. Ons advies is om deze stieren altijd als een groep te gebruiken op uw veestapel. De gemiddelde genetische aanleg van deze groep stieren heeft namelijk een hogere betrouwbaarheid van 95%.
Geschreven door Gerbrand van Burgsteden, Product Development
